Istilah “gereja” (ataupun jemaah) yang diterjermahkan di dalam Perjanjian Baru adalah ekklesia, iaitu bermaksud “mereka yang dipanggil” secara harfiah. Dari satu sudut pandangan, gereja adalah sekumpulan orang yang dipanggil Allah kepada Diri-Nya merentasi geografi serta masa. Ini bermaksud terdapat hanya satu gereja—satu tubuh yang terdiri daripada mereka yang dipanggil Allah—orang yang percaya itu termasuk yang hidup mahupun sudah mati di mana-mana juga di dunia ini.
Perjanjian Baru juga menggunakan perkataan plural seperti jemaah-jemaah, seperti “Jemaah-jemaah di Asia berkirim salam kepadamu. Akwila dan Priskila, serta jemaah di rumah mereka, berkirim salam mesra kepadamu dalam Tuhan” (1 Korintus 16:19) dan “Mereka menjelajahi Siria dan Kilikia sambil menetapkan hati jemaah di situ” (Kisah Para Rasul 15:17). Di sini perkataan “jemaah” merujuk kepada sekumpulan Kristian tempatan yang berkumpul untuk menjalankan ibadah mereka. Dari segi ini, terdapat banyak jemaah.
Salah satu cara untuk memahami cara istilah jemaah mengandungi maksud yang berlainan dalam konteks tertentu, adalah bahawa gereja/jemaah itu hanya satu—satu tubuh orang yang percaya yang dipanggil Allah. Namun demikian, terdapat perjumpaan tubuh itu di tempat yang berlainan, dan ini digelar sebagai “gereja”. Konsep ini boleh dilihat dari model perniagaan seperti francais McDonald’s. Terdapat hanya satu syarikat McDonald’s di seluruh dunia. Namun demikian, terdapat ribuan restoran McDonald’s di merata dunia yang mempunyai menu tersendiri berdasarkan citarasa tempatan.
Apabila seseorang memakai istilah gereja, biasanya ia merujuk kepada gereja Yesus Kristus sedunia ataupun jemaah tempatan, ataupun gereja tersembunyi dengan gereja biasa. Boleh dikatakan bahawa gereja Yesus Kristus sedunia adalah gereja tersembunyi kerana tidak semua jemaatnya bertemu serentak, serta mustahil ia boleh diperhatikan seperti sebuah gereja tempatan.
Gereja Yesus Kristus adalah Tubuh Kristus. Gereja tempatan pula mempunyai ciri-ciri tersendiri, sepertimana setiap restoran McDonald’s mempunyai susunan tempat duduk yang berlainan. McDonald’s di Asia Tenggara memang mempunyai beberapa hidangan yang berlainan dengan McDonald’s di Eropah. Konsep ini senang difahami dan tidak akan menimbulkan sebarang kontroversi. Namun demikian, terdapat jurang perbezaan yang agak besar dari segi pengajaran dan amalan di antara gereja-gereja (dan kumpulan tempatan yang menggelarkan diri sebagai “gereja”), dan perkara ini membangkitkan persoalan: Bukankah gereja hanya satu?
Ada gereja tempatan yang berdikari, jadi tiada jawatankuasa ataupun organisasi yang mengawasi mereka. Gereja tempatan begini mengikuti ajaran Perjanjian Baru mengikut tahap pemahaman individu dan menjawab hanya kepada Kristus. Terdapatan gereja tempatan lain yang berada di bawah naungan denominasi, dan denominasi tersebut yang mempunyai kuasa ke atas gereja tempatan. Contohnya, Gereja Katolik ataupun Methodist adalah satu entiti (gereja) yang memiliki banyak cawangan tempatan (gereja-gereja). Masalah tertimbul apabila satu gereja tempatan percaya dan/atau mengikuti amalan yang berbeza daripada kepercayaan dan amalan denominasi tersebut, walaupun kedua-dua pihak mendakwa bahawa mereka sedang mengikuti pengajaran Perjanjian Baru sebagai pengikut Tuhan Yesus Kristus yang setia. Jelas sekali ini merupakan satu masalah yang bermula dari agama Kristian sejak dahulu kala.
Apabila Yesus naik ke syurga, Dia memberi rasul-rasul-Nya kuasa dan kewibawaan untuk memimpin gereja. Rasul-rasul tersebut berbicara dengan Allah secara terus dan membuat sumbangan utama dalam penulisan Perjanjian Baru. Namun demikian, terdapat juga golongan yang mencabar pimpinan rasul-rasul pada waktu itu. Paulus sentiasa bergumul dengan mereka yang mengganggu dia ke mana juga dia pergi. Setelah dia menubuhkan sebuah gereja di satu bandar dan pergi ke bandar yang lain, golongan ini akan memberitahu penghuni bandar tersebut bahawa pengajaran Paulus tidak lengkap mahupun salah, ataupun Paulus sendiri bukan seorang yang boleh dipercayai.
Di dalam beberapa kes, pengajaran baru bertentangan dengan kebenaran Berita Baik sehingga Paulus perlu membalas dan memperbetulkannya (lihat Galatia 1:6–9). Dalam kes yang lain di mana segolongan jemaah mula mementingkan seorang pemimpin daripada pemimpin yang lain, Paulus memberi amaran menentang pembagian: “Saudara-saudaraku! Demi nama Tuhan kita Yesus Kristus aku berseru kepada kamu semua supaya seia sekata dan tidak wujud perpecahan. Dengan demikian, kamu bersatu hati dan fikiran sepenuhnya. Saudara-saudaraku, beberapa orang anggota keluarga Kloe telah menyatakan kepadaku bahawa berlaku sengketa antara kamu. Inilah yang kumaksudkan: Ada orang yang berkata, “Aku mengikut Paulus”; ada yang berkata, “Aku mengikut Apolos”; ada yang berkata, “Aku mengikut Kefas”; dan ada pula yang berkata, “Aku mengikut Kristus.” Adakah Kristus berbelah bahagi? Bukannya Paulus yang mati di kayu salib untukmu! Bukanlah kamu telah dibaptiskan dalam nama Paulus!” (1 Korintus 1:10–13). Ini membuktikan bahawa pada zaman rasul, terdapat juga pembagian di kalangan jemaah.
Setelah para rasul meninggal, pemimpin-pemimpin gereja yang bertanggungjawab mengajar Alkitab kepada jemaah serta memastikan bahawa amanah gereja terpelihara. Namun demikian, sepertimana pada zaman para rasul, zaman yang seterusnya juga mempunyai golongan yang cuba memesongkan ataupun mengubah pengajaran Alkitab dan mengumpul pengikut sendiri, mahupun mendakwa bahawa diri sendiri yang mempunyai ajaran benar. Yang lain mungkin mengajar kebenaran mengikut alkitabiah tetapi melakukan begitu melalui daya tarikan personaliti sendiri dan teknik kepimpinan. Akibat daripada itu adalah kemunculan pelbagai gereja tempatan serta denominasi pada hari ini. Kebanyakan daripada mereka mendakwa bahawa mereka adalah pengikut Yesus Kristus dan setia kepada ajaran yang terkandung di dalam Perjanjian Baru, tetapi adalah bahawa mereka semuanya benar. Malangnya, terdapat gereja pada hari ini yang meninggalkan kebenaran sambil berpura-pura mengikuti Kristus mahupun ajaran Alkitab.
Gereja terdiri daripada orang yang berdosa yang senantiasa diubah oleh Roh Kudus. Kadangkala, terdapat jemaah di gereja tempatan ataupun beberapa gereja di dalam satu denominasi yang ingin menukar kepercayaan asas mereka dan keluar daripada denominasi tersebut untuk membentuk satu lagi denominasi yang baru. Ada juga gereja atau denominasi yang menukar pendirian mereka, ataupun ahli jemaah yang ingin menukar gereja kerana mereka berasa bahawa gereja itu tidak lagi memberi ajaran yang selari dengan kepercayaan mereka.
Hal ini biasanya menjadi pemangkin kepada pembentukan gereja atau denominasi yang baru. Pada awal abad ke-20, terdapat jumlah denominasi yang besar yang tidak lagi percaya bahawa Alkitab itu berwibawa. Baru-baru ini juga, banyak gereja arus utama menerima gaya hidup homoseksual sebagai sesuatu yang normal dan tidak mengecamnya sebagai dosa sepertimana yang Alkitab mengajar, jadi individu ataupun seluruh gereja mengundurkan diri untuk menyertai ataupun menubuhkan gereja baru yang selari dengan pengajaran Alkitab.
Oleh kerana terdapat pelbagai kepercayaan serta pentafsiran yang berkenan dengan Perjanjian Baru, ia tidak menghairankan untuk melihat pembentukan pelbagai gereja dan denominasi. Malah, boleh dikatakan sesuatu yang mustahil untuk seorang individu mencari sebuah gereja yang selari dengan kepercayaan individu tersebut. Sebuah gereja tempatan juga mungkin berada di bawah naungan denominasi yang tidak semestinya bersetuju dengan kepercayaan denominasi tersebut. Setiap individu mahupun gereja tempatan perlu membuat keputusan sendiri berdasarkan pengajian Firman Tuhan apa yang tidak boleh dikompromi dengan apa yang boleh demi persaudaraan di dalam Kristus.
Gereja individu dan juga denominasi biasanya bekerjasama dengan gereja atau denominasi lain apabila mereka bersetuju dalam hal doktrin asas. Contohnya, John MacArthur dan R.C. Sproul adalah kawan karib. Mereka melayani bersama-sama di persidangan serta mempertahankan kewibawaan Firman Tuhan serta kebenaran Injil. Namun demikian, mereka mempunyai pendapat yang jauh berbeza mengenai hal pembaptisan dan Hari Kiamat. Walaupun mereka tidak akan menyatukan gereja masing-masing, tetapi mereka masih boleh berkawan dan bekerjasama mengikut perintah Tuhan Yesus supaya saling menyayangi sesama sendiri. Ini adalah contoh yang bagus untuk kita ikuti dalam hal penyatuan dalam perbezaan (unity in diversity).
Boleh dikatakan bahawa semua gereja evangelikal bersetuju dalam hal-ehwal kepercayaan asas seperti Tritunggal, kewibawaan Alkitab, dan perbenaran melalui iman. Banyak gereja dari pelbagai mazhab (Baptis, Methodist, Katolik, Presbyterian, dll) juga bekerjasama dengan gereja yang tidak mempunyai kaitan dengan mana-mana mazhab utama dalam hal pelayanan. Namun demikian, gereja-gereja ini tidak boleh disatukan sebagai satu gereja sahaja oleh kerana kepercayaan sekunder. Sebagai contoh, kebanyakan gereja Baptis percaya bahawa para jemaah yang membuat keputusan muktamad, tetapi banyak gereja Presbyterian percaya bahawa para pemimpin yang diberi tanggungjawab untuk membuat keputusan dan bukan jemaah. Dua sistem pentadbiran gereja ini jauh berbeza, jadi mereka tidak boleh disatukan. Perbezaan seperti ini tidak boleh dielakkan dan kewujudan aneka gereja adalah sesuatu yang patut untuk memelihara kesatuan umat Kristian di dunia.
Impian kita adalah untuk melihat kewujudan hanya satu gereja; tetapi kita tidak hidup di dalam dunia yang sempurna. Dunia ini telah dicemari dengan orang yang berdosa. Terdapat mereka yang cuba memutarbelit Firman Tuhan untuk mengikut agenda jahat mereka, ada pula yang telah menolak Firman Tuhan sebagai otoritas namun ingin kekalkan istilah “gereja” di dalam nama persatuan. Ada pula yang secara ikhlas mentafsirkan Alkitab dengan cara yang salah tentang hal-hal kepercayaan sekunder.
Di dalam dunia ini, tiada gereja yang sempurna. Ia sangat penting untuk orang Kristian menyertai gereja di mana Firman Tuhan mempunyai kewibawaan atas kehidupan setiap individu, dan juga menjaga kepentingan gereja-gereja bekerjasama antara mereka untuk memastikan bahawa isu-isu sekunder tidak menjadi pemangkin pisahan. Semua murid-murid Yesus Kristus dan jemaah yang mengajar dan percaya pada Alkitab disatukan oleh jauh lebih persamaan daripada perbezaan.
